「國家發展與中國大陸研究所」前身為「中山學術研究所」及「中國大陸研究所」，其中「中山學術研究所」於民國51年（1962年）本校創辦之初即已設立，時名「三民主義研究所」，為國內第一所以「三民主義」為名之研究所，歷任所長為張其昀教授(本校創辦人)、曾虛白教授、朱秉義教授、唐振楚教授、傅宗懋教授、楊逢泰教授、周陽山教授、曹俊漢教授、葉明德教授。
另「中國大陸研究所」原名「大陸問題研究所」，於民國61年（1972年）秋經教育部核准設立並正式招生，為國內第一所以「大陸問題」為名之研究所，歷任所長為葉翔之教授(時任本校校長)、項迺光教授，民國78年更名為「中國大陸研究所」，歷任所長為雷飛龍教授、楊開煌教授、高輝教授、唐彥博教授、李炳南教授。
前述「中山學術研究所」及「中國大陸研究所」兩所於民國98年8月合併並更名為「中山與中國大陸研究所」，於105學年度更名為「國家發展與中國大陸研究所」，歷任所長為邵宗海教授、趙建民教授、李孔智教授。